数据库 runc hang 导致 Kubernetes 节点 NotReady

upyun · 2022年07月04日 · 最后由 xiaoronglv 回复于 2022年07月06日 · 358 次阅读

Kubernetes 1.19.3

OS: CentOS 7.9.2009

Kernel: 5.4.94-1.el7.elrepo.x86_64

Docker: 20.10.6

先说结论，runc v1.0.0-rc93 有 bug，会导致 docker hang 住。

发现问题

线上告警提示集群中存在 2-3 个 K8s 节点处于 NotReady 的状态，并且 NotReady 状态一直持续。

kubectl describe node，有 NotReady 相关事件。

登录问题机器后，查看节点负载情况，一切正常。
查看 kubelet 日志，发现 PLEG 时间过长，导致节点被标记为 NotReady。

docker ps 正常。
执行 ps 查看进程，发现存在几个 runc init 的进程。runc 是 containerd 启动容器时调用的 OCI Runtime 程序。初步怀疑是 docker hang 住了。

要解决这个问题可以通过两种方法，首先来看一下 A 方案。

解决方案 A

针对 docker hang 住这样的现象，通过搜索资料后发现了以下两篇文章里也遇到了相似的问题：

docker hang 问题排查 [https://www.likakuli.com/posts/docker-hang/]
Docker hung 住问题解析系列 (一)：pipe 容量不够 [https://juejin.cn/post/6891559762320703495]

这两篇文章都提到了是由于 pipe 容量不够导致 runc init 往 pipe 写入卡住了，将 /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft 的限制放开，就能解决问题。

于是，查看问题主机上 /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft 设置的是 16384。所以将它放大 10 倍 echo 163840 > /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft，然而 kubelet 还是没有恢复正常，pleg 报错日志还在持续，runc init 程序也没有退出。

考虑到 runc init 是 kubelet 调用 CRI 接口创建的，可能需要将 runc init 退出才能使 kubelet 退出。而根据文章中的说明，只需要将对应的 pipe 中的内容读取掉，runc init 就能退出。因为读取 pipe 的内容可以利用「UNIX/Linux 一切皆文件」的原则，通过 lsof -p 查看 runc init 打开的句柄信息，获取写入类型的 pipe 对应的编号（可能存在多个），依次执行 cat /proc/$pid/fd/$id 的方式，读取 pipe 中的内容。尝试了几个后，runc init 果然退出了。

再次检查，节点状态切换成 Ready，pleg 报错日志也消失了，观察一天也没有出现节点 NotReady 的情况，问题（临时）解决。

对解决方案 A 疑问

虽然问题解决了，但是仔细读 /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft 参数的说明文档，不难发现这个参数跟本次问题的根本原因不太对得上。

pipe-user-pages-soft 含义是对没有 CAP_SYS_RESOURCE CAP_SYS_ADMIN 权限的用户使用 pipe 容量大小做出限制，默认最多只能使用 1024 个 pipe，一个 pipe 容量大小为 16k。

那这里就有了疑问：

dockerd/containerd/kubelet 等组件均通过 root 用户运行，并且 runc init 处于容器初始化阶段，理论上不会将 1024 个 pipe 消耗掉。因此，pipe-user-pages-soft 不会对 docker hang 住这个问题产生影响，但是实际参数放大后问题就消失了，解释不通。
pipe 容量是固定，用户在创建 pipe 时无法声明容量。从线上来看，pipe 的确被建出来了，容量是固定的话，不应该因为用户使用 pipe 总量超过 pipe-user-pages-soft 限制，而导致无法写入的问题。是不是新创建的 pipe 容量变小了，导致原先可以写入的数据，本次无法写入了？
目前对 pipe-user-pages-soft 放大了 10 倍，放大 2 倍够不够，哪个值是最合适的值？

探索

定位问题最直接的方法，就是阅读源码。

先查看下 Linux 内核跟 pipe-user-pages-soft 相关的代码。线上内核版本为 5.4.94-1，切换到对应的版本进行检索。

static bool too_many_pipe_buffers_soft(unsigned long user_bufs)
{
        unsigned long soft_limit = READ_ONCE(pipe_user_pages_soft);

        return soft_limit && user_bufs > soft_limit;
}

struct pipe_inode_info *alloc_pipe_info(void)
{
  ...
  unsigned long pipe_bufs = PIPE_DEF_BUFFERS;  // #define PIPE_DEF_BUFFERS        16
  ...

        if (too_many_pipe_buffers_soft(user_bufs) && is_unprivileged_user()) {
                user_bufs = account_pipe_buffers(user, pipe_bufs, 2);
                pipe_bufs = 2;
        }

        if (too_many_pipe_buffers_hard(user_bufs) && is_unprivileged_user())
                goto out_revert_acct;

        pipe->bufs = kcalloc(pipe_bufs, sizeof(struct pipe_buffer),
                             GFP_KERNEL_ACCOUNT);
  ...
}

在创建 pipe 时，内核会通过 too_many_pipe_buffers_soft 检查是否超过当前用户可使用 pipe 容量大小。如果发现已经超过，则将容量大小从 16 个 PAGE_SIZE 调整成 2 个 PAGE_SIZE。通过机器上执行 getconf PAGESIZE 可以获取到 PAGESIZE 是 4096 字节，也就是说正常情况下 pipe 大小为 164096 字节，但是由于超过限制，pipe 大小被调整成 24096 字节，这就有可能出现数据无法一次性写入 pipe 的问题，基本可以验证问题 2 的猜想。

至此，pipe-user-pages-soft 相关的逻辑也理顺了，相对还是比较好理解的。

那么，问题就回到了「为什么容器 root 用户 pipe 容量会超过限制」。

百分百复现

找到问题根本原因的第一步，往往是在线下环境复现问题。

由于线上环境已经都通过方案 A 做了紧急修复，因此，已经无法在线上分析问题了，需要找到一种必现的手段。

功夫不负有心人，在 issue 中找到了相同的问题，并且可以通过以下方法复现。

https://github.com/containerd/containerd/issues/5261

echo 1 > /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft
while true; do docker run -itd --security-opt=no-new-privileges nginx; done

执行以上命令之后，立刻就出现 runc init 卡住的情况，跟线上的现象是一致的。通过 lsof -p 查看 runc init 打开的文件句柄情况：

可以看到 fd4、fd5、fd6 都是 pipe 类型，其中，fd4 跟 fd6 编号都是 415841，是同一个 pipe。那么，如何来获取 pipe 大小来实际验证下「疑问 2」中的猜想呢？Linux 下没有现成的工具可以获取 pipe 大小，但是内核开放了系统调用 fcntl（fd, F_GETPIPE_SZ）可以获取到，代码如下：

#include <unistd.h>
#include <errno.h>
#include <stdio.h>
// Must use Linux specific fcntl header.
#include </usr/include/linux/fcntl.h>

int main(int argc, char *argv[]) {
    int fd = open(argv[1], O_RDONLY);
    if (fd < 0) {
        perror("open failed");
        return 1;
    }

    long pipe_size = (long)fcntl(fd, F_GETPIPE_SZ);
    if (pipe_size == -1) {
        perror("get pipe size failed.");
    }
    printf("pipe size: %ld\\n", pipe_size);

    close(fd);
}

编译好之后，查看 pipe 大小情况如下：

重点看下 fd4 跟 fd6，两个句柄对应的是同一个 pipe，获取到的容量大小是 8192 = 2 * PAGESIZE。所以的确是因为 pipe 超过软限制导致 pipe 容量被调整成了 2 * PAGESIZE。

使用 A 方案解决问题后，我们来看一下 B 方案。

解决方案 B

https://github.com/opencontainers/runc/pull/2871

该 bug 是在 runc v1.0.0-rc93 中引入的，并且在 v1.0.0-rc94 中通过上面的 PR 修复。那么，线上应该如何做修复呢？是不是需要把 docker 所有组件都升级呢？

如果把 dockerd/containerd/runc 等组件都升级的话，就需要将业务切走然后才能升级，整个过程相对比较复杂，并且风险较高。而且在本次问题中，出问题的只有 runc，并且只有新创建的容器受到影响。因此顺理成章考虑是否可以单独升级 runc？

因为在 Kubernetes v1.19 版本中还没有弃用 dockershim，因此运行容器整个调用链为：kubelet → dockerd → containerd → containerd-shim → runc → container。不同于 dockerd/containerd 是后台运行的服务端，containerd-shim 调用 runc，实际是调用了 runc 二进制来启动容器。因此，我们只需要升级 runc，对于新创建的容器，就会使用新版本的 runc 来运行容器。

在测试环境验证了下，的确不会出现 runc init 卡住的情况了。最终，逐步将线上 runc 升级成 v1.1.1，并将 /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft 调整回原默认值。runc hang 住的问题圆满解决。

分析&总结

PR 做了什么修复？

Bug 的缘由。当容器开启 no-new-privileges 后，runc 会需要去卸载一段已经加载的 bpf 代码，然后重新加载 patch 后的 bpf 代码。在 bpf 的设计中，需要先获取已经加载的 bpf 代码，然后才能利用这段代码调用卸载接口。在获取 bpf 代码，内核开放了 seccomp_export_bpf 函数，runc 采用了 pipe 作为 fd 句柄传参来获取代码，由于 seccomp_export_bpf 函数是同步阻塞的，内核会将代码写入到 fd 句柄中，因此，如果 pipe 大小太小的话，就会出现 pipe 数据写满后无法写入 bpf 代码导致卡住的情况。

PR 中的解决方案。启动一个 goroutine 来及时读取 pipe 中的内容，而不是等数据写入完成后再读取。

为什么超过限制？

容器的 root 用户 UID 为 0，而宿主机的 root 用户 UID 也是 0。在内核统计 pipe 使用量时，认为是同一用户，没有做区分。所以，当 runc init 申请 pipe 时，内核判断当前用户没有特权，就查询 UID 为 0 的用户 pipe 使用量，由于内核统计的是所有 UID 为 0 用户（包括容器内）pipe 使用量的总和，所以已经超过了 /proc/sys/fs/pipe-user-pages-soft 中的限制。而实际容器 root 用户 pipe 使用量并没有超过限制。这就解释了前面提到的疑问 2。

所以我们最后做个总结，本次故障的原因是，操作系统对 pipe-user-pages-soft 有软限制，但是由于容器 root 用户的 UID 与宿主机一致都是 0，内核统计 pipe 使用量时没有做区分，导致当 UID 为 0 的用户 pipe 使用量超过软限制后，新分配的 pipe 容量会变小。而 runc 1.0.0-rc93 正好会因为 pipe 容量太小，导致数据无法完整写入，写入阻塞，一直同步等待，进而 runc init 卡住，kubelet pleg 状态异常，节点 NotReady。

修复方案，runc 通过 goroutine 及时读取 pipe 内容，防止写入阻塞。

参考资料

https://iximiuz.com/en/posts/container-learning-path/

https://medium.com/@mccode/understanding-how-uid-and-gid-work-in-docker-containers-c37a01d01cf

https://man7.org/linux/man-pages/man7/pipe.7.html

https://gist.github.com/cyfdecyf/1ee981611050202d670c

https://github.com/containerd/containerd/issues/5261

https://github.com/opencontainers/runc/pull/2871

数据库 runc hang 导致 Kubernetes 节点 NotReady

数据库 runc hang 导致 Kubernetes 节点 NotReady

发现问题

解决方案 A

解决方案 B

分析&总结

推荐阅读