比如一开始我有文件 index.html。然后我修改了该文件，用如下命令进行提交：
git add . git commit -m "xxx" git push origin master
后发现出现文件 index.html~ 如果是一个我可以手动删除。但我想肯定有命令来删除或者合并。有大牛知道吗？？ 望指教～～谢谢～
这不是 github 生成的，应该是你的编辑器生成的。你修改你的编辑器设置应该就行了
或者用 gitignore 忽略临时文件 https://github.com/github/gitignore
这个是 Vim 产生的吧，如果不希望产生这些额外的文件，可以修改~目录下的.vimrc 配置，加入：
set noswapfile
set nobackup
或者把*.~加到.gitignore 文件里边。
如果你想永久删除已经存在于版本库中的文件，可以参考这篇文章 https://help.github.com/articles/remove-sensitive-data
